يرتبط معهد الإعلام الأردني باتفاقية أكاديمية مع الجامعة الأردنية يتم بموجبها إشراف الجامعة الأردنية على تطبيق تعليمات أسس درجة الماجستير المعمول بها في برنامج الماجستير في الصحافة والإعلام الحديث، ومتابعة تطبيق شروط القبول على الطلبة الملتحقين ومتابعة شؤون الطلبة الأكاديمية من حيث إنهاء الطلبة لمتطلبات التخرج حسب الخطة الدراسية والمعدلات التراكمية.
كما يقوم مجلس العمداء في الجامعة الأردنية وبتنسيب من اللجنة الأكاديمية في معهد الإعلام الأردني بمنح درجة الماجستير في الصحافة والإعلام الحديث. كما تشارك الجامعة الأردنية ممثلة برئيسها بتخريج الطلبة في حفلات التخرج.
ويحرص المعهد على الالتزام بمعايير الجامعة الأردنية وأنظمتها، وكذلك بتعليمات هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي ذات الصلة ببرامجه الدراسية، وهيئته التدريسية، وشروط قبول الطلبة. إلا أن خصوصية برنامج الماجستير المذكور أعلاه وتركيزه على الجوانب التطبيقية المكثفة لتعزيز معارف الطلبة ومهاراتهم قد تقتضي إدخال بعض التعديلات على تلك المعايير والشروط بالتشاور والتنسيق الدائمين مع الجهات المعنية في الجامعة والهيئة. ولضمان سلامة تطبيق إجراءات القبول والتسجيل، يقوم المعهد بتنفيذ هذه الإجراءات بما في ذلك تدقيق الوثائق ومعادلة الشهادات وفق الأنظمة والتعليمات المعمول بها في الجامعة الأردنية.